تاثیر هدفمند کردن یارانه ها بر فضای دانشگاهها و دانشجویان غیرقابل انکار است. افزایش شهریه دانشگاههای غیردولتی در صورت عدم حمایت دولت، افزایش قیمت خدمات دانشجویی برای جبران تاثیر هدفمندسازی یارانهها، تاثیر هدفمندی یارانه ها بر دانشگاههای علوم پزشکی و بیمارستانهای آنها، اجبار خانواده ها به کاهش هزینه های ضروری خود برای ادامه تحصیل فرزندان، افزایش سیل تقاضا برای آموزش عالی دولتی و نامشخص بودن ظرفیت سازی در این بخش، مشکل دانشگاههای غیردولتی برای اداره دانشگاه با شهریه های کنونی، چالش در حذف کنکور با هدفمندسازی یارانه ها و … از مشکلات طرح هدفمندسازی یارانه ها در آموزش عالی کشور است که امید می رود در اجرای این طرح این موارد مد نظر قرار گیرد تا دانشگاهها با قوت بیش از پیش در حوزه های آموزشی و پژوهشی فعالیت کنند.علی عباسپور تهرانی فرد رئیس کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس در نخستین واکنش در زمینه تأثیر لایحه هدفمند کردن یارانه ها بر دانشگاههای دولتی و غیردولتی گفت: در صورت عدم حمایت دولت از دانشگاههای غیردولتی این دانشگاهها مجبور به افزایش شهریه یا کاهش کیفیت خواهند شد.

